原子科學院成立於民國63年，是國立清華大學歷史最悠久且最具特色，更是全國唯一從事原子能科技相關教學與研究之學院。設有「工程與系統科學系」、「生醫工程與環境科學系」、「核子工程與科學研究所」，以及「原子科學院學士學位學程」，並於108學年度增設分析與環境科學研究所。工程與系統科學系與生醫工程與環境科學系均設有大學部、碩士班及博士班，核子工程與科學研究所則設有碩士班、博士班，分析與環境科學研究所設有碩士班。工程與系統科學系的教學與研究強調尖端工程科技的整合，大學部的學程包括物理、熱流、材料、與電子四個學術專長及核工與能源、奈微系統與工程物理三個應用領域。此三個領域亦為該系的研究重點。生醫工程與環境科學系的研究與教學則強調物理、化學與生物等基礎科學之整合，其大學部不分學程，強週應用科學之基礎教育，研究重點包括：保健暨醫學物理、分子生醫光電及環境分子科學三個領域。核子工程與科學研究所之教學與研究重點包括核電廠工程、保健物理、放射化學及輻射應用等四個領域。原子科學院學士學位學程以能源與環境為第一專長，再依據性向及志趣擇一選修其他學院系所之核心課程，作為第二專長，提供大學部學生學習的彈性。此外，工程與系統科學系與中央研究院、國家同步輻射研究中心合作，分別與其共同設立台灣國際研究生 (博士班) 學程之奈米科技學程，以及先進光源學程，以加強奈米科技與同步加速器設施的教學與研究。 原子科學院培育的學生不論在原子能或其它尖端科技領域均表現亮麗。本院有許多傑出的校友擔任原子能的領導階層或骨幹人力，在學術界及各個尖端科技領域，本院校友的表現亦相當優秀。未來，本院將配合國家發展計畫及社會需要，培養一流的人才，加強國際交流，且強化與產業界及醫界之科技研究合作，邁向國際一流的學院。